Préchauffer le four à 350 F. Graisser ou tapisser de coupes de papier 12 moules à muffins.
Dans un grand bol, mélanger les farines, le sucre, le bicarbonate de soude, la poudre à pâte, la cannelle, la muscade et le sel.
Dans un autre bol, mélanger les œufs, l'huile, le yogourt et la vanille.
Verser les ingrédients liquides dans les ingrédients secs et mélanger à la cuillère pour que tous les ingrédients secs soient humectés sans plus. Ne pas trop mélanger la pâte.
Ajouter le zucchini râpé, les grains de chocolat et les noix et mélanger juste pour bien les répartir dans la pâte en faisant attention de ne pas trop mélanger la pâte.
Répartir la pâte à muffins dans les moules pour qu'ils soient remplis au 3/4. Cuire de 20 à 25 minutes ou jusqu'à ce qu'un cure-dent inséré au centre en ressorte propre.
Attendre environ 10 minutes avant de démouler les muffins sur une grille.